L'allergologue est le seul à pouvoir effectuer un diagnostic précis et prescrire ce traitement. Le traitement se déroule par étapes, sur une durée prolongée.

Deux voies sont possibles pour administrer les doses d'allergène :

• La voie sous-cutanée:
  Elle consiste à injecter une dose (de solution) d'extraits allergéniques par voie sous-cutanée (sous la peau) au niveau du bras entre le coude et l'épaule. Non douloureuses, les injections doivent impérativement être effectuées par l'allergologue (au moins pour le début du traitement) et sont suivies d'une période d'observation de 20 à 30 minutes à son cabinet. 

• La voie sublinguale :
  Elle est plus récente et d'efficacité équivalente à celle de la voie sous-cutanée. Le traitement s'administre chez soi, le matin à jeun par le dépôt sous la langue de doses d'extraits allergéniques. La prise doit être maintenue deux minutes avant d'être avalée.

Les protocoles de désensibilisation, sont personnalisés (adaptés à chaque patient) et se déroulent en 2 phases successives :

• La première phase dite "traitement initial" vise à administrer une dose croissante d'extrait allergénique. Pendant les premières semaines du traitement, en partant d'une dose très faible de l'allergène en cause, la dose de produit administrée est augmentée par l'allergologue jusqu'à atteindre la dose maximale la mieux tolérée par le patient. Selon les voies d'administration (injection sous-cutanée ou prise sublinguale), et la sensibilité propre de chaque patient, la durée de cette phase initiale peut varier.
• La seconde étape, appelée phase d'entretien, peut ensuite être commencée. La dose maximale tolérée par le patient à la fin de la 1ère phase est alors administrée à intervalles réguliers (selon la voie d'administration et la sensibilité du patient) pendant une période variant de 3 à 5 ans ou plusieurs saisons polliniques.